1、綜合辦公室：負責(zé)人事、職改、工資、統(tǒng)計、計劃生育、圖書管理、紅會、紀(jì)檢監(jiān)察等工作。負責(zé)檔案、文件收發(fā)、來信來訪處理、文印、車輛管理、來客接待、愛衛(wèi)、政務(wù)公開、機關(guān)內(nèi)務(wù)管理及值班人員安排等工作；負責(zé)突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急管理；負責(zé)物資、藥械采購，中心庫房、水電房屋維修、基建、食堂等，并協(xié)助中心主任組織、協(xié)調(diào)全中心工作。

2、財務(wù)科：負責(zé)中心財經(jīng)預(yù)決算，財務(wù)運行，財務(wù)統(tǒng)計報表及分析，物價管理，科室成本和獎金核算，財務(wù)稽查，所有票證。

3、公共衛(wèi)生監(jiān)測科：負責(zé)全市食品衛(wèi)生、公共場所衛(wèi)生、飲用水衛(wèi)生、化妝品衛(wèi)生的監(jiān)測(含各類樣品采樣)、樣品接送與登記、檢驗結(jié)果評價報告等工作，基層體檢督查及健康證簽發(fā)，配合衛(wèi)生監(jiān)督所做好轄區(qū)內(nèi)食物中毒的調(diào)查處理。

4、職業(yè)危害因素控制科：負責(zé)全市職業(yè)衛(wèi)生、放射衛(wèi)生監(jiān)測和廠礦內(nèi)部食堂衛(wèi)生監(jiān)測以及室內(nèi)空氣危害因素的檢測等。

5、急性傳染病防治和免疫規(guī)劃科：負責(zé)全市傳染病防治、計劃免疫、疾病監(jiān)測、公共衛(wèi)生應(yīng)急辦的管理與信息反饋和城區(qū)各單位的預(yù)防接種等工作。

6、地方病慢性病防治科：負責(zé)“結(jié)核病控制項目”、KSCDC項目的實施，地方病、慢性病防治，狂犬、肝炎?？崎T診的管理以及社區(qū)慢性非傳染性疾病防治工作。

7、學(xué)校衛(wèi)生與消殺滅科：負責(zé)全市學(xué)生常見病、多發(fā)病的防治及學(xué)校內(nèi)日常性衛(wèi)生監(jiān)測，市直中學(xué)、城區(qū)中小學(xué)、職校的預(yù)防接種，牽頭組織有關(guān)科室對校內(nèi)、幼兒園傳染病暴發(fā)流行和食物中毒的處理，負責(zé)全市消毒、殺蟲、滅鼠的組織和管理，托幼機構(gòu)消毒質(zhì)量、一次性衛(wèi)生用品、涉水產(chǎn)品和消毒劑的監(jiān)測，建筑工地衛(wèi)生監(jiān)測管理。

8、檢驗科：負責(zé)中心衛(wèi)生檢驗、外單位送檢、碘鹽、尿碘監(jiān)測、瘧疾病人血檢、腹瀉病人標(biāo)本檢驗、二號病疫源檢索、艾滋病初篩、醫(yī)療器械檢測以及市直醫(yī)療單位器械采樣工作。

9、性病艾滋病防治科：負責(zé)全市皮膚病、麻風(fēng)病、性病、艾滋病防治工作。

10、健教培訓(xùn)質(zhì)控科：負責(zé)疾控中心質(zhì)量控制，全市健康教育和衛(wèi)技培訓(xùn)工作。

11、預(yù)防性健康體檢科：負責(zé)全市預(yù)防性健康體檢的組織發(fā)動、體檢和簽發(fā)健康證工作。